Ngày 23/07/1987, Giáo xứ An Phú tổ chức mừng Ngân khánh 25 năm thành lập.
Nghĩa tử của Cha cố Mát-thêu là các cha Gio-an Bao-ti-xi-ta Nguyễn Xuân Đức, cha Giu-se Nguyễn Duy Diễm và cha Giu-se Trần Văn Lưu.
Sau 29 năm phục vụ, vì sức yếu bệnh tật, ngài đã về nhà Chúa ngày 07/02/1991 trong niềm tiếc thương vô hạn của nhiều người. Giáo Xứ đã mất đi một vị Cha già đáng kính và thân thương .Thân xác ngài được an nghỉ tại nghĩa trang Lái Thiêu. Hằng năm nhân ngày giỗ, hoặc lễ bổn mạng của ngài, đề tỏ lòng biết ơn và tưởng nhớ, cộng đoàn Giáo xứ cùng đến mộ để thăm viếng và đọc kinh cầu nguyện .
Cha Giu-se Nguyễn Duy Diễm, năm 1962 , khi đó còn là một chủng sinh, sau đó tập sự giúp xứ An Phú, dưới sự chỉ bảo của Cha cố Mát-thêu.
Ngày 15/04/1975 Cha Giu-se Nguyễn Duy Diễm chịu chức linh mục, trong bối cảnh miền Nam sắp giải phóng, được Đức Tổng bổ nhiệm làm phụ tá cho Cha cố Mát-thêu. Cha Giu-se bàn với Cha cố gộp hai Giáo Khu Gioan + Thánh Tâm thành Khu Thánh Tâm vì số giáo dân các khu nầy ít hơn các khu khác, còn các khu khác không thay đổi.
Năm 1976, TGP Sài Gòn đổi tên thành TGP- TP Hồ Chí Minh có 15 Giáo Hạt và Giáo xứ An Phú thuộc Giáo hạt Tân Định (Quận 3).
Khi cha cố qua đời, Cha Giu-se được bổ nhiệm làm chánh xứ.
Cha đã chọn bổ sung và củng cố lại HĐMVGX ,các Hội đoàn, Đoàn TNTT, thành lập các ca đoàn (Emmanuel ; Magnificat ; An-rê Trần An Dũng Lạc). Giáo dân lúc bấy giờ khoảng trên 2.000 người, và 500 hộ gia đình công giáo.
• Khu Thánh Tâm thành Họ Giáo Thánh Linh .
• Khu Phê-rô thành Họ Giáo Hiển Thánh.
• Và Họ Giáo Mông Triệu.
Mỗi Họ Giáo có một Trưởng và một phó.
Ban thường vụ gồm : 01 ông Chánh, 02 ông phó , 01 Thủ quỹ và 01 Thư ký và Cha sở chọn ngày Lễ Chúa Chiên Lành làm Bổn mạng Giáo xứ. Trong giai đoạn này Giáo xứ có nếp sinh hoạt tôn giáo khá sinh động theo phong thái và cung cách , tư duy cấp tiến của Cha Giu-se.
Các soeur Dòng Mến Thánh Giá đã giúp xứ từ năm 1964, Sau này, nhà Dòng đã cử thêm một số chị em khác đến thay và thêm một số một số chị em Dòng Lao Động Truyền Giáo ( Nước Hằng Sống ) đến phụ giúp kinh nguyện và hát các Thánh lễ sáng.
Đây là thời kỳ biến động về kinh tế và xã hội. Ngoài công việc mục vụ thiêng liêng coi sóc cộng đoàn. Cha luôn trăn trở ngôi nhà thờ ngày càng xuống cấp. Khó khăn trong việc xin cấp phép xây dựng, Cha sở đã cùng HĐMV vận động giáo dân tu sửa lại Thánh Đường như : sửa chữa tháp chuông, thay đổi nội thất, trang trí lại cung thánh, bàn thờ, tượng Chúa, trần và sàn nhà thờ đều bằng gỗ, đóng mới lại các ghế ngồi, thay cửa gỗ bằng cửa sắt cho thông thoáng, đập bỏ gác lửng hai bên (chỉ chừa lại gác đàn), xây dựng lễ đài Đức Ki-tô Mục Tử trước nhà thờ để giáo dân kính viếng và cầu nguyện.
Cũng thời gian này Cha đã vận động giáo dân mua 1.500m2 đất tại khu vực nghĩa trang Bình Hưng Hòa để thành lập nghĩa trang Giáo xứ , làm nơi an nghỉ cho những giáo dân qua đời trong xứ.
Năm 2000 Cha tiếp tục vận động giáo dân đóng góp mua một căn hộ lấy đất ở phía sau nhà thờ để mở rộng khuôn viên nhà xứ. Thiết kế thêm một số phòng để các em thiếu nhi sinh hoạt.
Ngày 06 tháng 11 năm 2003 Hội đồng mục vụ cùng cộng đoàn Giáo xứ tiễn Cha Giu-se về nhận nhiệm vụ mới tại Giáo xứ Thánh Gia (Tân Định). Sau hơn 28 năm phục vụ.
Từ năm 2003 đến nay: XÂY DỰNG VÀ PHÁT TRIỂN
Ngày 08/11/2003 cộng đoàn Giáo xứ An Phú hân hoan chào đón Tân Chánh Xứ Phê-rô Lê Hoàng Chương, khi đó là cha phó Giáo xứ Tân Sa Châu, về nhận nhiệm sở mới tại Giáo xứ An Phú.
Với tuổi đời còn trẻ và lòng nhiệt thành nhà Chúa, Cha thường xuyên đi mục vụ thăm viếng các gia đình trong xứ : xức dầu, giải tội và trao Mình Thánh Chúa.
Hiện nay tổng số giáo dân gần 2.300 người, hơn 600 gia đình công giáo.
Sau hai năm tìm hiểu và cầu nguyện, Cha đã tiến hành hai việc quan trọng là bầu HĐMVGX và xây dựng lại ngôi thánh đường mới.
Năm 2005 Cha sở họp HĐMV lấy ý kiến giáo dân, bầu HĐMVGX theo quy chế HĐMVGX của tòa Tổng Giám Mục năm 2002, vì có một số nhân sự xin từ nhiệm vì hết nhiệm kỳ. Kiện toàn lại Hội gia đình Phạt Tạ Thánh Tâm. Hội các Bà Mẹ Công Giáo, Hội Lêgiô. Đoàn Thiếu Nhi Thánh Thể.
Bổ sung và thành lập thêm ca đoàn Mẹ Thiên Chúa và ca đoàn Thiếu Nhi, nhóm cầu nguyện lòng thương xót Chúa, ban Caritas Giáo xứ, ban Phụng tự, ban Truyền Thông Giáo xứ….
Ngày 20/01/2006 Cha sở cùng HĐMVGX làm đơn xin Đức Tổng cho phép khởi công xây nhà sinh hoạt đức tin, với số tiền quỹ ít ỏi, Cha đã kêu gọi giáo dân tiết kiệm đóng góp và gởi thư ngỏ đến các Giáo xứ thân quen để được giúp đỡ. Sau khi khoan địa chất thăm dò để làm nền móng và đi đến quyết định nhờ Kiến trúc sư thiết kế . Được chính quyền cấp phép và Giáo xứ bắt đầu tiến hành công việc xây dựng .
Ngày 10/11/2007, Đức cha Giuse Vũ Duy Thống chủ sự Thánh lễ đặt viên đá đầu tiên.
Ngày 02/12/2007, Đức Hồng Y Gioan Bao-ti-xi-ta Phạm Minh Mẫn chủ sự Thánh lễ khởi công.
Ngày 19/04/200, Đức cha Giuse Vũ Duy Thống chủ sự Lễ Khánh Thành nhà sinh hoạt giáo lý đức tin .
Ngày 05/05/2008, Cha sở thành lập phòng Hài cốt, đáp ứng nhu cầu và nguyện vọng của giáo dân muốn gởi Hài cốt tại Giáo xứ.
Trong khi còn đang lo việc xây dựng, ngày 30/5/2010, Cha sở cùng HĐMV tiễn các soeur về Dòng Mến Thánh Giá nhận nhiệm vụ mới, sau gần 41 năm phục vụ tại Giáo xứ An Phú.
Khi nhà Giáo lý đã hoàn thành, Cha sở cùng HĐMV đi đến với các Giáo xứ để quyên góp và tiếp tục vận động từng gia đình trong xứ, bắt tay xây dựng nhà thờ mới trên nền ngôi thánh đường cũ đã xuống cấp sau hơn 40 năm sử dụng. Được sự đồng ý của Tòa Tổng và chính quyền cấp phép xây dựng ngày 30/03/2009.
Ngày 08/08/2009, Đức Hồng Y Gioan Bao-ti-xi-ta Phạm Minh Mẫn chủ sự Thánh lễ đặt viên đá đầu tiên xây dựng nhà thờ mới.
Nhìn lại thời gian đã qua, nhất là từ năm 1962 đến nay, Giáo xứ đã có khá nhiều thay đổi về mọi mặt, từ việc xây dựng, tu sửa, tôn tạo các cơ sở công trình vật chất đến việc mở mang, phát triển các Hội đoàn và các mặt sinh hoạt của Giáo xứ.
Để có được thành quả như ngày hôm nay, không thể không kể đến công sức và nỗ lực của những vị Linh Mục quản nhiệm và của rất nhiều người. Vượt qua bao khó khăn, sau cùng với sự cầu nguyện, đóng góp, sự giúp đỡ tích cực của quý Đức Cha, quý Cha, quý tu sỹ nam nữ, giáo dân trong và ngoài xứ, các mạnh thường quân, các vị ân nhân còn sống cũng như đã qua đời, các cấp chính quyền cũng tạo điều kiện.
Ngôi thánh đường mới Gíáo xứ An Phú đã được hoàn thành trong bình an Chúa ban và tốt đẹp như mọi người mong đợi.
Ngày 15/05/2011, Lễ khánh thành nhà thờ mới được tổ chức trọng thể do Cha Hạt trưởng Hạt Tân Định - Gioan Bao-ti-xi-ta Võ Văn Ánh chủ sự.
l
Kể từ đây ngôi thánh đường mới Gíáo xứ An Phú đáp ứng được nhu cầu về chỗ ngồi cho cộng đoàn và mọi sinh hoạt trong nhà thờ cũng như những công năng khác, như : chỗ để xe, nhà kho, các phòng tiếp sức mùa thi, các phòng học hỏi lời Chúa, nhà tạm chầu Mình Thánh Chúa, phòng gởi hài cốt cho giáo dân trong và ngoài xứ.
Cha sở chỉnh trang lại tượng đài Đức Mẹ La-Vang, Mẹ ban ơn, và bức phù điêu các Thánh Tử Đạo nằm trong khuôn viên rộng thoáng để cộng đoàn lui tới cầu nguyện.
Thắm thoát Giáo xứ đã trải qua hơn 50 năm với bao nỗi buồn vui, những thay đổi thăng trầm của lịch sử và thời cuộc. Nhưng với một niềm tin vào sự quan phòng của Thiên Chúa đã tuôn đổ biết bao hồng ân trên Giáo xứ An Phú. Ước mong mọi thành phần dân Chúa trong xứ, biết đoàn kết yêu thương nhau, sẵn sàng cộng tác nhân lực và tài trí cùng với Cha sở để dựng xây Giáo xứ ngày một triển nở, hướng về tương lai để tiến bước và hân hoan chuẩn bị chào đón năm Thánh, mừng Kim Khánh kỷ niệm 50 năm thành lập Giáo Xứ.